璧南河、璧北河、梅江河三条河流主河道均发源于璧山中部地区云雾山即西山地区。三条主要河流及其支流分别属长江水系和嘉陵江水系。其中，璧南河为长江水系左岸一级支流、璧北河为嘉陵江水系右岸一级支流、梅江河为长江水系左岸二级支流，璧南河右岸支流。
璧南河系长江左岸一级支流，古称油溪、来凤溪，亦称津璧河，年后因其自璧山区南流更名为璧南河。河流发源于福禄镇石燕湾一带，由西北向南方流经福禄、河边、璧城、璧泉、青杠、来凤、健龙、广普等镇街辖区，于广普镇柏杨村与江津区吴滩镇“两河口”交界处与梅江河汇流后进入江津区油溪镇注入长江左岸。
璧南河干流全长公里，总流域面积平方公里，其中：璧山区境内河长84.87公里，区境内总流域面积平方公里，含梅江河流域面积平方公里，扣除梅江河后流域面积平方公里，璧南河璧山境内河段平均比降2.65‰。
璧北河为嘉陵江水系右岸一级支流。主河道发源于境内大路街道大沟村与铜梁区西泉镇南天门村交界处一带，由西向东北方向流经大路、七塘、八塘等镇街，于八塘镇智灯村大水塘堰出境进入北碚区澄江镇五一村、盐滩村交界处，再经北碚区澄江镇汇入嘉陵江右岸。璧北河干流全长47.8公里，总流域面积平方公里，其中璧山区境内河长40.9公里，区境内流域面积平方公里，河段平均比降4.46‰。
梅江河系璧南河右岸一级支流，长江二级支流。梅江河发源于云雾山福禄镇境内和平村一带，由西北向南方向流经福禄镇、梅江场、石院场、马坊场、三合镇等场镇辖区，于三合镇天星村离境进入江津区吴滩镇，再在璧山区广普镇柏杨村两河口与江津区交界处汇入璧南河。梅江河干流全长76.9公里，总流域面积平方公里，其中璧山区境内河长62.1公里，区境内流域面积平方公里，河段平均坡降2.02‰。