璧山地区受境内东部缙云山、西部云雾山、中部龙梭山山脉影响，形成了“三山夹二谷”的特殊地形地貌。域内地理海拔高程呈南北两端低，中部地区高，从西部云雾山中段大路街道境内的大竹村古老寨开始由西向东偏南方向经大竹村黄角桥—龙门溪（场）—保家（场）—福里树村—东部缙云山脉沙坪坝区青木关镇盐庆村辖区段一带由隆起的山岭高岗形成天然屏障成为区域南北水系分水岭，把璧南河、梅江河与璧北河分成南北水系。
中部地区龙梭山脉附近从褔禄镇境内龙宝村梨树岚丫由西向东至龙梭山脉褔禄镇境内胜利村、河边镇境内同心村、向南方向连接丹凤短轴背斜长约22公里至正兴镇沙磅村境内并继续向南部延伸逐渐降低海拔高度至河谷地区，形成平行于缙云山、云雾山东西两山脉纵贯璧山南部的中部地区岗梁山岭，又将境内南部地区水系璧南河与梅江河分成东西两大水系。
独特的地形地貌，使璧山区境內形成了三大河流及其72条支流，自然形成三大独立水系，三大水系互不贯通。三大水系位于长江流域上游地区，其地表径流属外流水系。受地形地貌限制，境内河流比降大，集雨面积小，河道内蓄水全靠人工建筑物（堰、闸）分河段梯级拦蓄，河道内水体交换全部依靠一年一度暴雨径流形成的洪水进行水体交换。